Eşalonul funcţional de bază la nivelul institutului este departamentul constituit de 10-15 cercetători, condus de un şef de departament. Departamentele au fost organizate pe marile arii tematice ale pieţei muncii şi protecţiei sociale, corespunzătoare în acelaşi timp, şi obiectivelor ministerului din domeniu. Aceste departamente realizează coordonarea ştiinţifico - metodologică şi operaţională a activităţilor de cercetare-dezvoltare, în principal, precum şi de consultanţă şi training, asigurând şi specializarea resurselor umane alocate.
În institut, pentru funcţiunea specifică de CDI, este operaţionalizată o structură organizatorică flexibilă, structurată pe colective de cercetare –dezvoltare interdepartamentale, constituite în conformitate, atât cu direcţiile tematice din Regulamentul de Organizare şi Funcţionare al  Institutului Naţional de Cercetare Ştiinţifica in Domeniul Muncii si Protecţiei Sociale conform Hotărârii Guvernului nr. 1773/21.10.2004, cât şi cu cerinţele pieţei de CDI, orientată către un “management prin proiecte”.
Operaţionalizarea acestei structuri flexibile, adecvate conducerii activităţii conform principiilor “managementului prin obiective” şi a “managementului prin proiecte”, este fundamentată pe o strategie de gestiune informatică flexibilă  – STIG -  a resurselor umane. Strategia STIG presupune gestionarea unei baze de date, care cuprinde informaţii despre competenţele profesionale, lingvistice, de comunicare etc., ale tuturor cercetătorilor din INCSMPS, informaţii despre gradul de alocare şi încărcare a personalului de CDI cu activităţi specifice, anual şi multianual, în cadrul proiectelor existente, precum şi informaţii despre nevoile de realizare eficientă a proiectelor aflate în portofoliul anual şi multianual al institutului.